Évaluation et caractérisation moléculaire du microbiote respiratoire du liquide de lavage broncho-alvéolaire obtenu des patients souffrant de pneumopathie sévère de la ville d’Abidjan, Côte d’Ivoire - Institut Pasteur de Côte d'Ivoire Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2021

Evaluation and molecular characterization of the respiratory microbiota of the bronchoalveolar lavage fluid obtained from patients suffering from severe pneumopathy of Abidjan, Côte d’Ivoire

Évaluation et caractérisation moléculaire du microbiote respiratoire du liquide de lavage broncho-alvéolaire obtenu des patients souffrant de pneumopathie sévère de la ville d’Abidjan, Côte d’Ivoire

Résumé

The etiological diagnosis of Severe Acute Respiratory Infections (IRAS), which determines adequate patient management, remains a major public health challenge in Africa. In Côte d'Ivoire, little work has been done on the etiologies of severe pneumonia. The general objective of this work is to characterize potential pathogens by conventional and molecular microbiology techniques from Broncho alveolar Fluid (BAL) from patients with IRAS. For this study, a prospective experimental study was carried out on adult patients with alveolo- interstitial pneumonitis and carried out in pneumophtisiology department (PPH) at the University Hospital Center (CHU) of Cocody and the laboratory of bacteriology-virology, the Molecular Biology Platform of the Pasteur Institute of Côte d'Ivoire, between February 2016 and October 2017. The search for the etiological agents of the IRAS was done by the culture on GSF, GSC, Chapman, and EMB agar plates and by the real-time PCR molecular technique by extracting and amplifying DNA and RNA from the various pathogens present. The results of this study showed the presence of bacteria, virus and Pneumocystis jirovecii in the 33 BAL samples at the respective rates of 52.5%, 15% and 32.5%. Other etiological agents included Streptococcus pneumoniae (9.1%), Haemophilus influenzae (27.3%), Legionella pneumophila (3%), Moraxella catarrhalis (3%), Haemophilus influenzae + Streptococcus pneumoniae (9.1%), Haemophilus influenzae + Moraxella catarrhalis (6.1%), Streptococcus pneumoniae + Staphylococcus aureus (4.8%) and Streptococcus pneumoniae + Moraxella catarrhalis (4.8%), Klebsiella pneumonia (75%); Coronavirus OC43 (3%), Parainfluenza virus-3 PV-3 (9.1%), Human Rhinovirus (3%), Parainfluenza virus-3 (PV-3) + Coronavirus HKUI (3%) and Pneumocystis jirovecii (32.5%) The bacterial etiology was therefore predominant in severe acute respiratory infections in this study conducted in Abidjan. Hence the need for researchers to develop microbiological diagnostic algorithms for IRAS in order to quickly take care of patients.
Le diagnostic étiologique des Infections Respiratoires Aiguës Sévères (IRAS) qui conditionne une prise en charge thérapeutique adéquate du patient reste un défi majeur de santé publique en Afrique. En Côte d’Ivoire, peu de travaux concernant les étiologies des pneumonies sévères ont été réalisés. L’objectif général de ce travail est de caractériser les agents pathogènes potentiels par les techniques conventionnelles et moléculaires de microbiologie à partir de Liquide Broncho-alvéolaire (LBA) de patients atteints d’IRAS. Pour cette étude, une étude expérimentale prospective a été effectuée sur les patients adultes atteints de pneumopathie alvéolo- interstitielle et menée au service de pneumophtisiologie (PPH) du Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Cocody et le laboratoire de la bactériologie- virologie, la plateforme de biologie moléculaire de l’Institut Pasteur de Côte d'Ivoire, entre février 2016 et octobre 2017. La recherche des agents étiologiques des IRAS s’est faite par la culture sur les géloses GSF, GSC, Chapman, EMB et par la technique moléculaire de PCR en temps réel à travers l’extraction et l’amplification de l’ADN et de l’ARN des différents pathogènes présents. Les résultats de cette étude ont montré la présence des bactéries, virus et Pneumocystis jirovecii dans les 33 échantillons de LBA selon les taux respectifs de 52,5 %, 15% et 32,5 %. Les agents étiologiques étaient en autres Streptococcus pneumoniae (9,1%), Haemophilus influenzae (27,3%), Legionella pneumophila (3%), Moraxella catarrhalis (3%), Haemophilus influenzae + Streptococcus pneumoniae (9,1%), Haemophilus influenzae + Moraxella catarrhalis (6,1%), Streptococcus pneumoniae + Staphylococcus aureus (4,8%) et de Streptococcus pneumoniae + Moraxella catarrhalis (4,8%), Klebsiella pneumonia (75%); Coronavirus OC43 (3%), Parainfluenza virus-3 PV-3 (9,1%), Rhinovirus humain (3%), Parainfluenza virus-3 (PV-3) + Coronavirus HKUI (3%) et Pneumocystis jirovecii (32,5%). L’étiologie bactérienne a donc été prépondérante dans les infections respiratoires aiguës sévères dans la présente étude menée à Abidjan. D’où la nécessité aux chercheurs de développer des algorithmes de diagnostic microbiologique des IRAS afin de prendre en charge rapidement les patients.
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Citer

S. Anne-Michèle Sopi N'Chott Épse Yéré. Évaluation et caractérisation moléculaire du microbiote respiratoire du liquide de lavage broncho-alvéolaire obtenu des patients souffrant de pneumopathie sévère de la ville d’Abidjan, Côte d’Ivoire. Sciences du Vivant [q-bio]. Université Félix Houphouët-Boigny, Abidjan, Côte d'Ivoire, 2021. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04191747⟩
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